体征和症状
基孔肯雅热的特征是突然发热，经常伴有关节痛。其他常见征兆和症状还包括肌肉疼痛、头痛、恶心、疲劳和皮疹。关节疼痛通常使患者极为虚弱，但往往持续数天或延长至数周。因此，该病毒可引起急性、亚急性或慢性疾病。
大多患者可以痊愈，但有些患者的关节痛会持续数月甚至数年。偶有报告发生眼睛、神经和心脏方面的并发症，以及胃肠不适。严重并发症不多见，但此病可导致老年人死亡。由于感染后通常只有轻微症状，可能难以识别感染，在登革热流行地区也会被误诊。
传播
在亚洲、非洲、欧洲以及美洲的近60个国家，已经确认有基孔肯雅热。
感染病毒的雌性蚊子叮咬，造成人际间病毒感染。大多数情况下，此类蚊子为埃及伊蚊和白纹伊蚊，这两种蚊子也会传播其他病毒，包括登革病毒。尽管叮咬高峰发生在清早和傍晚，这些蚊子在白天也叮咬人。这两种蚊子都在户外叮咬，而埃及伊蚊还善于在室内叮咬。
被受感染蚊子叮咬后，通常在4-8天内发病，但也会在2-12天的范围内发病。
诊断
诊断可采用几种方法，例如酶联免疫分析（ELISA）这类血清学检查，可证实存在IgM和IgG基孔根亚病毒抗体。IgM病毒抗体水平在发病后3-5周内最高，此后持续约两个月。在出现症状的第一周内采集的样本，应使用血清和病毒（逆转录聚合酶链反应（RT-PCR））方法进行检测。
感染后最初几天可以从血液中分离出病毒。有各种逆转录酶聚合酶链反应（扩增核糖核酸基因组RT–PCR）检测试验方法，但灵敏度各不相同。有一些适于临床诊断。临床样品RT-PCP制品也可用于病毒基因分型，与采自不同区域的病毒取样做出比较。
治疗
没有特别针对基孔肯雅热的抗病毒药物治疗。治疗主要是减轻症状，包括使用解热药、最适宜的止疼药和液体减轻关节疼痛。没有商用基孔肯雅热疫苗。
预防和控制
蚊子滋生地邻近人类居住地，是基孔肯雅热重要危险因素，也会传播其他疾病。预防和控制很大程度上是要减少住地那些有助蚊子滋生的自然和人为容器的数量。这要动员受影响的各个社区。在疫情暴发期间，可将杀虫剂喷洒在蚊子着落的容水物表面和附近，杀死飞蚊，或使用杀虫剂对水进行处理，杀死未成熟的蚊子幼虫。
在基孔肯雅热流行期间，建议着装时要尽量减少可遭白天叮咬媒介叮咬的暴露皮肤。严格按照使用说明在暴露皮肤或衣服上使用驱蚊剂。驱蚊剂应含有DEET (N, N-diethyl-3-methylbenzamide), IR3535 (3-[N-acetyl-N-butyl]-aminopropionic acid ethyl ester) 或 icaridin (1-piperidinecarboxylic acid, 2-(2-hydroxyethyl)-1-methylpropylester)。对那些白天睡觉的人，特别是对幼儿，或病人，或老人，驱虫蚊帐起良好保护作用。盘式蚊香和杀虫剂喷雾器也可减少室内叮咬。
前往高危地区的人应采取基本的预防措施，包括使用驱蚊剂、穿长袖衣裤并确保房间内装有防止蚊子进入的屏障。
疫情暴发
基孔肯雅热发生在非洲、亚洲和印度次大陆。人感染数量在非洲已多年相对比较低，但在1999-2000年间，在刚果民主共和国发生了一次大暴发，2007年加蓬发生了一次暴发。
自2005年2月起，基孔肯雅热大范围流行发生在印度洋各群岛。欧洲很多输入性病例与这次流行有关，大多数病例是在2006年，当时印度洋的流行正值高峰。印度在2006年和2007年曾暴发大规模基孔肯雅热。其他几个东南亚国家也受到过影响。自2005年起，印度、印度尼西亚、马尔代夫、缅甸和泰国已经报告了超过190万病例。2007年，欧洲报告了首次传播，是意大利东北部的一次局部性暴发。这次疫情暴发记录了197例病例，确认了由白蚊伊蚊传播导致暴发在欧洲是完全有可能的。
2013年12月，法国报告了法属圣马丁岛两例经实验室确诊的本地基孔肯雅热病例。此后，在世卫组织美洲区域超过43个国家和地区确认发生了本地传播。这是首次在美洲出现本地传播且记录备案的基孔肯雅热疫情。截至2015年4月，加勒比岛屿、拉丁美洲国家和美利坚合众国已记录1379788例以上基孔肯雅热疑似病例。该病在同期还造成了191例死亡。加拿大、墨西哥和美国还记录输入病例。
2014年10月21日，法国证实在法国蒙彼利埃市发生了4例基孔肯雅热本地感染病例。2014年底，太平洋岛屿报告了疫情。目前，基孔肯雅热疫情在库克群岛和马绍尔群岛依然持续，而在美属萨摩亚、法属波利尼西亚、基里巴斯和萨摩亚的病例数则有所减少。世卫组织2015年底处理了塞内加尔达喀尔市和印度旁遮普邦发生的小规模基孔肯雅热疫情。
2015年，美洲国家向泛美卫生组织区域办事处通报了693489例基孔肯雅热疑似病例和37480例确诊病例，其中哥伦比亚负担最重，共出现了356079例疑似病例。这低于2014年美洲通报的疑似病例总数。2014年美洲通报的疑似病例总数为100多万例。
2016年，共向泛美卫生组织区域办事处报告发生了349936例疑似病例和146914例实验室确诊病例，疾病负担为前一年的一半。报告病例数量最多的国家是巴西（265000例疑似病例）、玻利维亚和哥伦比亚（分别为19000例疑似病例）。2016年，在出现1000多起疑似病例后阿根廷首次报告发生基孔肯雅热本土传播。在撒哈拉以南非洲地区，肯尼亚报告了一起基孔肯雅热疫情，造成了1700多例疑似病例。2017年，巴基斯坦继续应对2016年开始的疫情。
更多关于疾病媒介的情况
埃及伊蚊和白纹伊蚊都与基孔肯雅热大范围流行有关。埃及伊蚊只局限在热带和亚热带，而白纹伊蚊还在温带，甚至寒冷的温带地区生存。最近几十年，来自亚洲的白纹伊蚊，已在非洲、欧洲和美洲一些地区固定生存下来。
与埃及伊蚊相比，白纹伊蚊更能把有水的地方作为繁殖地点，除了车胎、盆栽托盘等人为地点外，还包括椰子皮、可可荚、竹树桩、树洞、石头上的水坑等。繁殖场所的多样性使白纹伊蚊在农村，以及城郊地区和阴凉城市公园到处可见。
埃及伊蚊与人居关系紧密，除了室外与白纹伊蚊同样的人为繁殖地点外，它还利用室内繁殖地，包括花瓶、储水容器和浴室的水泥水箱等。
非洲几种其他种类的媒介类蚊子也与疾病传播有关，包括A. furcifer-taylori 种群蚊子和A. luteocephalus蚊子。有证据表明，包括非灵长类、啮齿类、鸟类和小型哺乳动物在内的一些动物可能是病毒宿主。
世卫组织的应对
世卫组织应对基孔肯雅热的举措如下：
- 制定基于证据的疫情管理计划；
- 为各国提供技术支持和指导，以实现有效的病例和疫情管理；
- 支持各国改进其报告体系；
- 与本组织的一些合作中心合作，在区域一级提供临床管理、诊断和媒介控制方面的培训；
- 为会员国发布病例管理和媒介控制方面的指南和手册。
世卫组织鼓励各国发展并保持发现和确认病例的能力，处置病人，并落实社会交流战略，以减少蚊媒的存在。